自動進樣器使用時間長了以后還會有爪套磨損的問題，爪套磨損以后導致進樣小瓶抓不牢或者抓到半途小瓶掉落。爪套磨損一方面是時間長了橡膠老化和正常使用磨損的原因，另一方面與使用了規格大小不正確的小瓶有關系，我們有一段時間使用島津色譜自帶的小瓶，發現爪套磨損的比較厲害，后來就棄掉不用。
　　
　　自動進樣器上有一個計量泵，這個部件比較隱蔽，平時也不需要特殊的維護，很少有人會想到它的問題，其實計量泵和前邊的液相泵結構類似，柱塞桿和密封墊圈都通用，只不過是只有一個柱塞桿。
　　
　　針座堵塞，有時候不小心錯用了硬質塑料小瓶蓋或者是瓶蓋上的進樣墊重復使用很多次，進樣針針頭扎下去的時候，會把瓶蓋或瓶墊的碎屑吸到針孔里去，針頭落到針座上去以后，流動相經過100ul定量環流經針座，碎屑被帶到針座入口，造成針座堵塞、系統壓力過高或者針座漏液。把針頭提起來，離開針座，去掉自動進樣器模塊的前蓋，拆掉針座連接六通閥的螺釘，用力把針座取下，將針座倒接到液相泵上，流速設置為5ml/min加壓，一般的堵塞物都能立刻就給沖洗下來，如果沖不下來可以將針座放到超聲儀里超聲，然后再接泵沖，或者干脆延長管路，邊接泵沖邊超聲，